Mary Jane procedía de una familia desestructurada. Su padre, un profesor y escritor frustrado, descargaba toda su amargura en Mary Jane, su hermana mayor, Gayle, y su madre, Madeline. Para terminar con esa vida infernal, Madeline se divorció y las chicas se fueron a vivir con ella, hospedándose en casa de su tia Anna Watson. Así llegaron a convertirse en vecinas de los Parker. Frecuentaban mucho a una prima, Kristy Watson, quien fue desapareciendo gradualmente de la historia. Inicialmente a Parker no le llamaba la atención en ningún sentido.
El día del asesinato de Benjamin Parker (tío Ben), Mary Jane vio salir a Spider-Man de casa de los Parker. Durante años Mary Jane calló aquello.
Mary Jane fue nombrada por primera vez en Amazing Spider-Man #15 (agosto de 1964), aunque era un personaje físicamente desconocido para el lector. Tía May se refirió a ella como "esa simpática Watson de al lado". Peter no tenía interés en conocerla y le decía a su tía que, seguramente, MJ no sería su tipo, aunque a tía May sí le gustaba.
MJ hizo su primera aparición, ya de forma física, en Amazing Spider-Man #25 (junio de 1965) aunque su rostro se mostraba oscurecido. No será hasta el Amazing Spider-Man #42 (noviembre de 1966) cuando podamos apreciar su físico. En la última página de ese número, Peter finalmente la conoce. El joven quedó impresionado de la belleza de MJ y por la ya inolvidable frase:
Acéptalo, Tigre... ¡Te acaba de tocar la LOTERIA!
Historia:
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Philip y Madeline Watson se conocieron y se enamoraron en la universidad. Llevaban casados año y medio cuando nació Gayle. Mary Jane nació cuatro años después. Entonces Philip, siendo ya un reputado profesor, quiso dedicarse a escribir. Incapaz de escribir bien, echaba la culpa a las niñas, y tenía aterrorizadas a su mujer y sus hijas.
Desquiciado, Philip Watson comenzó a viajar de un lado para otro, llevándose a su familia consigo. A las niñas les costaba adaptarse cada vez a un lugar nuevo. Gayle practicaba ballet durante horas para combatir la soledad y Mary Jane se convirtió en la graciosa de la clase, intentando encantar a la gente.
Todo siguió así hasta que un día Philip golpeó a su hija mayor, Gayle. Incapaz de soportar esto Madeline se fue con las niñas y acudió a casas de parientes. Un día, estando en casa de Anna Watson, quien era tía de Mary Jane, se enteraron de que, en el hogar de los Parker, los vecinos, había entrado un ladrón y había asesinado a Ben Parker. Su esposa, May, había acudido a Anna en busca de ayuda y se encontraba allí llorando. Mientras, Mary Jane vio llegar a Peter, el sobrino de los Parker, que, hablando con un guardia, se había enterado del asesinato de su tío y había entrado corriendo a casa. Mary Jane vio entonces a Spider-Man salir por la ventana de la casa de los Parker. Así descubrió el secreto de Peter.
La vida siguió para Mary Jane normalmente hasta que, un día, su tía y la de Peter arreglaron una cita entre los dos y, cuando Mary Jane acudió, Peter quedó sorprendido de lo bella que era.
Durante el tiempo en el que Mary Jane se había trasladado ya a Nueva York, Peter dudaba entre dos chicas: Gwen Stacy o la propia Mary Jane. Tiempo después, Gwen moriría asesinada por el Duende Verde y Peter se sumiría en la depresión.
Tiempo después, un día en que Mary Jane fue a visitar a Peter, éste se encontraba en medio de una batalla contra el Puma, y fue entonces cuando le reveló que conocía su secreto. Ambos intimaron y comenzaron una relación que culminaría con su boda.
Después de la boda, Mary Jane se convertiría en actriz de una serie de televisión y se enfrentaría a numerosos problemas, como el acoso de Jonathon Caesar o la desaparición de su marido, cuando fue suplantado por Kraven.
Mary Jane dejaría el mundo de la televisión y se quedaría embarazada, pero la niña desaparecería al poco de nacer.
Después Mary Jane volvió a sus estudios para terminar su carrera y, actualmente, es una afamada actriz de teatro.
Actualmente en la continuidad norteamericana del comic, Peter Parker y Mary Jane Watson están separados, debido a la nueva idea de Joe Quesada de renovación de la historia de Spider-Man, en la cual el demonio Mefisto decide salvar a la tía May de una muerte segura, tras sufrir una herida de bala durante los acontecimientos narrados en la saga Civil War. Mefisto le ofrece a la pareja un intercambio por la vida de la anciana a costa del matrimonio de Peter y Mary Jane. A pesar de las criticas y el enojo de los seguidores del comic, la historia continúa en curso con un Peter Parker solitario y soltero cuyo mundo, y aún él mismo, no recuerda que él alguna vez estaba casado, y donde Harry Osborn no ha muerto.
En las películas, el papel de Mary Jane ha sido interpretado por la actriz estadounidense Kirsten Dunst.
En la segunda película, Mary Jane ha alcanzado su sueño de ser estrella de los escenarios. Pero se siente decepcionada de Peter, ya que no la ha ido a ver en la obra que protagoniza. La hermosa pelirroja Mary Jane se enfrenta con un dilema personal: ama a Peter, pero va a casarse con John Jameson, astronauta e hijo del jefe de Peter, J. Jonah Jameson.
Mary Jane se cita con Peter en una cafetería, pero es raptada por el Doctor Octopus, que había hecho un trato con Harry Osborn: encontrar al Hombre Araña, para conocer su identidad.
En la batalla final, Mary Jane es salvada de nuevo por Spidey y esta vez se entera de su identidad. Su matrimonio con Jameson está a punto de celebrarse, pero huye a casa de Peter, y le dice que quiere estar siempre junto a él sin importar los riesgos que signifique ser su novia.
[editar]Spider-Man 3
En la tercera película, MJ actúa en una obra, en la que canta una canción. Se siente halagada cuando Peter le dice que estuvo excelente. A pesar de eso, pierde el papel principal por cantar muy bajo y no se lo dice a Peter.
Otro día, después de que Peter salvara la vida de Gwen Stacy, ésta lo besa en la ceremonia de la entrega de las llaves de la ciudad que se otorgaba a Spidey, y Mary Jane siente celos. MJ le preguntará por qué besó a Gwen y se irá.
Harry Osborn conseguirá que deje a Peter, y éste le contará a su amigo que entre los dos surgió algo inesperado.
Mary Jane encuentra trabajo de camarera-cantante en un club de jazz. Un día Peter (quien se encuentra bajo la influencia del simbionte Veneno) acude a ese club en compañía de Gwen, para dar celos a May Jane. Se entabla una trifulca y Mary Jane intenta calmarlos, pero entonces Peter le pega.
En la batalla final, Mary Jane es secuestrada por Venom, que la lleva hasta el piso 80 de un edificio. De nuevo es salvada por Peter y Harry en su nueva identidad de Duende Verde. En el funeral de Harry se muestra distante de Peter, pero, al final, se reencuentran en el bar donde ella canta una canción y se abrazan, simbolizando así su recíproco amor.